前面我们学习了怎么往ggplot2图形上添加显著性差异的P值。

【资料图】

今天来学习一个新包，使用这个新包可以往ggplot2图形上更简单快速的添加P值。

ggpval包可以执行统计检验，并且自动往ggplot2图形上添加相应的P值，P值可以显示为数字或者星形符号，也可以显示为文本注释。

1. 安装和加载R包

install.packages(\"ggpval\")#安装包tall.packages(\"ggplot2\")#安装包library(ggplot2)#加载包library(ggpval)#加载包#ggpval包也可以从github上安装#install.packages(\"devtools\")devtools::install_github(\"s6juncheng/ggpval\")

2. 创建数据集

数据集来自函数帮助文件。

A<-rnorm(200,0,3)#创建连续性变量B<-rnorm(200,2,4)#创建连续性变量G<-rep(c(\"G1\",\"G2\"),each=100)#创建个分组变量library(data.table)#加载包用来创建数据集dt<-data.table(A,B,G)#创建数据集dt#查看数据集，下面的图形都是在Rmarkdown中生成的

3. 数据集处理

转换数据集，将数据集由宽数据集变为长数据集。

dt1<-melt(dt,id.vars=\"G\")dt1

4. 箱型图示例

先画一个ggplot2箱型图，再指定哪两个组配对比较。

#绘制箱型图，并将图形传递给plt参数plt<-ggplot(dt1,aes(variable,value))+geom_boxplot()+#绘制箱型图geom_jitter()#添加抖动散点plt

#指定配对比较的组进行统计检验add_pval(plt,pairs=list(c(1,2)))#指定1组和2组进行比较

除了添加P值外，还可以指定文本注释，当指定添加文本注释时，统计检验不会进行。

统计检验默认wilcox.test，可以调节参数修改成其他检验方法。

add_pval(plt,pairs=list(c(1,2)),annotation=\"指定文本注释\")

5. 分面箱型图示例

除了普通箱型图外，还可以绘制分面箱型图，然后进行统计检验。

#绘制分面箱型图，并将图形传递给pltf参数pltf<-ggplot(dt1,aes(variable,value))+geom_boxplot()+geom_jitter()+facet_wrap(~G)#绘制分面箱型图，分面变量为G变量pltf

#指定配对比较的组进行统计检验add_pval(pltf,pairs=list(c(1,2)))#指定1组和2组进行比较

分面箱型图也可以指定添加注释文本，只需给annotation参数添加个list注释即可

#指定配对比较的组进行统计检验add_pval(pltf,pairs=list(c(1,2)),annotation=list(\"注释文本1\",\"注释文本2\"))#指定1组和2组进行比较

6. 条形图示例

ggpval还可以在条形图上进行统计检验。

先绘制一个条形图。

plt_bar<-ggplot(dt1,aes(x=variable,y=mu,（此处有错误，请查看帮助文件，后同）fill=variable))+geom_bar(stat=\"identity\",position="dodge")plt_bar

指定条形图的1组和2组进行统计检验。

add_pval(plt_bar,pairs=list(c(1,2)),response="value")#指定进行统计检验的列

绘制分面条形图，跟分面箱型图差不多。

plt_bar<-ggplot(dt1,aes(x=variable,y=mu,fill=variable))+geom_bar(stat=\"identity\",position="dodge")+facet_wrap(~G)plt_bar

add_pval(plt_bar,pairs=list(c(1,2)),response="value")

7. 外观属性设置

选用最前面的箱型图进行演示，怎么修改显著性检验的外观属性。

#绘制箱型图，并将图形传递给plt参数plt<-ggplot(dt1,aes(variable,value))+geom_boxplot()add_pval(plt,pairs=list(c(1,2)),barheight=2,heights=15,textsize=5)

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